核酸適配體手冊：功能性寡核苷酸及其應用

第1篇 歷史和理論背景
第1章 體外篩選功能性寡核苷酸及其生物化學活性的起源
James M Carothers 和 Jack WSzostak著；屈鋒 譯
1.1 引言
1.2 體外篩選的簡短歷史
1.3 體外篩選產生適配體、核酶、去氧核酶的啟示
1.4 合成學方法用於理解功能核酸的自然起源
1.5 最新的技術發展和未來的方向
1.6 小結
致謝
參考文獻

第2章 RNA進化的數學模型、電腦類比和體外篩選的概念
Peter Schuster 著；宋丹丹 譯
2.1 從早期的實驗和理論到中性網路的概念
2.1.1 試管中的進化
2.1.2 分子進化的動力學理論
2.1.3 序列空間和形狀空間
2.2 RNA結構、熱力學和動力學折疊
2.2.1 最小自由能的二級結構
2.2.2 逆折疊
2.2.3 次優構象與動力學折疊
2.2.4 共折疊和DNA參數
2.3 中性網路和電腦類比分子進化
2.3.1 序列空間中的中性網路
2.3.2 電腦類比RNA進化
2.3.3 電腦類比進化的經驗教訓
2.4 設計的和天然的RNA開關
2.5 RNA設計未來存在的問題展望
致謝
參考文獻

第3章 適配體進化中的適應性曲面，錯誤閾值和輔助因數
dám Kun，MarieChristine Maurel，Mauro Santos and Ers Szathmáry 著；宋丹丹 譯
3.1 引言
3.2 從實例中推導的函數曲面
3.2.1 適應性曲面
3.2.2 核酶參與的損傷篩選實驗
3.2.3 適應性曲面的構建
3.2.4 案例研究：脈孢菌VS核酶的適應性曲面
3.3 從函數曲面推斷的錯誤閾值：脈孢菌VS核酶的“真實”錯誤閾值
3.4 尋找催化的伴侶：輔助因數和適配體
3.4.1 聯合核酶（輔助因數輔助的核酶）
3.4.2 適配體酶
3.5 輔酶的運用：通過翻譯和遺傳密碼，從RNA世界到蛋白質世界
3.6 展望
致謝
參考文獻

第2篇 靶標結合的寡核苷酸的體外篩選
第4章 小分子的適配體
Heiko Fickert，Iris GFransson和Ulrich Hahn 著；趙新穎 譯
4.1 引言
4.2 核苷酸、核苷和堿基的適配體
4.3 輔助因數的適配體
4.4 氨基酸的適配體
4.5 糖的適配體
4.6 天然產物的適配體
4.7 有機或螢光染料的適配體
4.8 嵌合的適配體篩選方法
4.9 小結
致謝
參考文獻

第5章 抗生素的適配體
Christina Lorenz和Renée Schroeder 著；趙新穎 譯
5.1 引言
5.2 與RNA結合的抗生素
5.3 四環素的適配體
5.4 鏈黴素的適配體
5.5 氨基糖苷的適配體
5.6 氯黴素的適配體
5.7 肽類抗生素紫黴素的適配體
5.7.1 肽類抗生素紫黴素作為初始的前導分子
5.8 從抗生素結合的適配體中我們學到了什麼？
致謝
參考文獻

第6章 蛋白質的適配體
Shahid MNimjee，Christopher PRusconi and Bruce ASullenger 著；呂雪飛 譯
6.1 前言
6.2 蛋白質抑制劑適配體的性質
6.3 細胞因數/生長因數
6.3.1 血管內皮生長因數（VEGF）
6.3.2 人干擾素
6.3.3 血管生成素
6.3.4 鹼性成纖維細胞生長因數
6.3.5 血小板衍生生長因數
6.4 核酸結合蛋白
6.4.1 HIV 1 Tat
6.4.2 HIV 1 Rev
6.4.3 HIV反轉錄酶
6.4.4 轉錄因數 E2F
6.4.5 核因數 Kappa B
6.5 絲氨酸蛋白酶
6.5.1 丙型肝炎病毒 NS3（HSV NS3）
6.5.2 人嗜中性粒細胞彈性蛋白酶
6.5.3 凝血酶
6.5.4 Ⅶa因數
6.5.5 Ⅸa因數
6.6 抗體/免疫球蛋白
6.6.1 抗胰島素受體的抗體MA20
6.6.2 乙醯膽鹼受體的單克隆抗體（MAb）
6.6.3 免疫球蛋白E
6.6.4 細胞毒性T細胞抗原
6.7 細胞表面受體/細胞黏附分子
6.7.1 P 選擇素
6.7.2 L 選擇素
6.7.3 前列腺特異性膜抗原
6.7.4 克氏錐蟲
6.8 補體蛋白——人補體C
6.9 細胞外膜蛋白——肌腱蛋白C
6.10 脂蛋白——人非胰腺分泌的磷脂酶A
6.11 阮病毒蛋白——阮病毒蛋白PrPSc
6.12 多肽類
6.12.1 Ghrein/胃促生長素
6.12.2 神經肽降鈣素基因相關肽
6.12.3 促性腺激素釋放激素
6.12.4 神經肽痛敏肽/孤啡肽FQ
6.13小結
參考文獻

第7章 核酸結構的適配體
Jean Jacques Toulmé，Fabien Darfeuille，Carmelo Di Primo 和 Eric Dausse 著；呂雪飛 譯
7.1 引言
7.2 雙鏈核酸的適配體
7.3 環環間的相互作用
7.3.1 RNA RNA “親吻”複合物
7.3.2 DNA RNA“親吻”複合物
7.3.3 雙RNA RNA“親吻”環作用
7.3.4 頂環-內環相互作用
7.4 化學修飾的適配體識別RNA靶標
7.5 基於核酸靶標的適配體的生物學特性
7.6 小結
致謝
參考文獻

第8章 核糖開關：天然的代謝物結合RNA調控基因表達
Adam Roth，Rüdiger Welz，Ronald RBreaker 著；張小莉 譯
8.1 引言
8.2 核糖開關的基因調控
8.3 核糖開關的適配體結合域
8.4 特異性識別鳥嘌呤和腺嘌呤的天然適配體
8.5 適配體結構的高分辨分析
8.6 甘氨酸核糖開關
參考文獻

第3篇 具有催化活性的短鏈寡核苷酸的體外篩選
第9章 具有催化活性的RNA分子：有機化學中的工具
Barbara Sylvia Weigand，Andreas Zerressen，J rg C Schlatterer，Mark Helm和 Andres J schke 著；高培峰 譯
9.1 引言
9.2 具有催化活性的生物大分子
9.3 核酶的從頭構建
9.4 核酶的催化譜
9.5 小結
參考文獻

第10章 去氧核酶：具有催化活性的DNA分子
Kenny Schlosser，Simon AMcManus，Yingfu Li 著；屈鋒，高培峰 譯
10.1 DNA催化能力的最初證明
10.1.1 剪切RNA的DNA核酶
10.1.2 連接DNA的去氧核酶
10.1.3 催化卟啉金屬化的DNA
10.2 兩種剪切RNA的去氧核酶的故事
10.2.1 1023和817的體外篩選及二級結構
10.2.2 1023用於基因治療
10.2.3 1023的其他用途
10.2.4 87的功用
10.2.5 體外篩選實驗中817的重現
10.3 其他的去氧核酶
10.3.1 其他剪切RNA的去氧核酶
10.3.2 催化RNA連接的去氧核酶
10.3.3 催化DNA剪切的DNA核酶
10.3.4 修飾DNA的DNA核酶
10.3.5 催化磷酸二酯鍵形成的DNA酶
10.3.6 催化胸腺嘧啶二聚體修復的去氧核酶
10.3.7 具有外來功能的DNA酶
10.4 展望
參考文獻

第4篇 應用和展望
第11章 核酸適配體作為藥理探針的體內外靶標確認
P Shannon Pendergrast 和 David M Epstein著；李玉娟 譯
11.1 引言
11.2 核酸適配體作為藥理探針用於靶標確認
11.3 基因或mRNA敲除對靶標確認的限制
11.4 核酸適配體用於靶標確認
11.4.1 適配體用於細胞內靶標的體外確認
11.4.2 適配體用於細胞內外靶標的體內確認
11.5 小結
參考文獻

第12章 用於蛋白功能分析和藥物發現的內配體
Michael Famulok 和 Günter Mayer著；屈鋒 譯
12.1 引言
12.2 內配體：細胞內的適配體
12.3 適配體作為抑制劑篩選的探針
12.4 小結
致謝
參考文獻

第13章 適配體酶：別構核酶和去氧核酶作為生物感測器
Scott M Knudsen 和 Andrew D Ellington 著；屈鋒 譯
13.1 引言
13.1.1 寡核苷酸依賴的適配體酶
13.1.2 非核酸效應子的啟動
13.2 通過合理設計和體外篩選的方法創建適配體酶
13.2.1 合理設計適配體酶
13.2.2 體外適配體酶篩選
13.3 效應子啟動
13.4 適配體酶結構和功能的多樣性
13.5 生物學和生物技術應用中的適配體酶
13.5.1 作為生物感測器的適配體酶
13.5.2 適配體酶作為分子的邏輯門
13.5.3 適配體酶陣列
13.5.4 適配體酶的體內應用
致謝
參考文獻

第14章 適配體轉化為小分子先導化合物
Andreas Jenne 著；李玉娟 譯
14.1 引言
14.2 合理的藥物設計
14.3 生化篩選
14.4 小結
致謝
參考文獻

第15章 適配體作為配體在親和色譜和毛細管電泳中的應用
Eric Peyrin 著；趙新穎 譯
15.1 引言
15.2 親和液相色譜（和電色譜）中的配體
15.2.1 親和色譜的一般原理
15.2.2 蛋白質的分離/純化
15.2.3 小分子的分離
15.2.4 特定靶標的手性分離
15.3 親和毛細管電泳中適配體作為配體
15.3.1 親和毛細管電泳的一般原理
15.3.2 親和毛細管電泳用於靶蛋白的定量分析
15.4 小結
參考文獻

第16章 用於體內成像的適配體
Sandra Borkowski 和 Ludger M Dinkelborg 著；屈鋒，樂勝鋒 譯
16.1 體內成像：模式和要求
16.1.1 成像模式
16.1.2 成像的要求
16.2 體內成像用適配體
16.2.1 體內應用的寡核苷酸性質
16.2.2 不同類型的靶向試劑比較
16.2.3 用於成像的適配體靶
16.3 適配體的標記
16.3.1 SPECT所用的同位素
16.3.2 PET所用的同位素
16.4 SPECT和PET成像中的寡核苷酸
16.4.1 非靶向適配體
16.4.2 反義寡核苷酸
16.4.3 靶向適配體
16.5 展望
參考文獻

第17章 治療用適配體的性質
Sharon T Cload，Thomas G McCauley，Anthony D Keefe，Judith M Healy和Charles Wilson著；李玉娟 譯
17.1 引言
17.2 適配體靶標
17.2.1 細胞表面的靶標
17.2.2 細胞內的靶標
17.2.3 細胞外靶標
17.3 適配體結合的特點
17.3.1 適配體的親和性
17.3.2 適配體的特異性
17.3.3 適配體結合動力學
17.3.4 結合與功能
17.4 適配體的化學修飾
17.4.1 2′修飾
17.4.2 3′端加帽
17.4.3 5′端加帽
17.4.4 磷酸鹽取代
17.4.5 堿基修飾
17.4.6 聚乙二醇
17.4.7 脂質標籤
17.4.8 肽標籤
17.5 適配體的給藥途徑
17.5.1 非腸道
17.5.2 與生物製劑比較
17.6 替代適配體製劑的機遇
17.6.1 儲庫給藥
17.6.2 局部給藥
17.6.3 口服給藥
17.6.4 肺部給藥
17.6.5 眼部給藥
17.7 適配體的藥物動力學和生物分佈
17.7.1 關鍵的藥物動力學和生物分佈的參數
17.7.2 控制適配體藥物動力學和代謝穩定性的因素
17.7.3 適配體的生物分佈
17.7.4 適配體定量的生物分析方法
17.7.5 適配體的藥物動力學和生物分佈性質的總結
17.8 適配體的毒性曲線
17.9 適配體的免疫原性
17.10 適配體的生產
17.10.1 對適配體合成成本的貢獻
17.10.2 生產設施
17.10.3 化學合成與生物合成的優勢
17.11 研發中的治療用適配體實例
17.11.1 抗凝血酶適配體ARC1
17.11.2 抗補體C5的適配體ARC
17.11.3 L選擇素的適配體
17.11.4 PDGFBB的適配體ARC1
17.12 治療用適配體的前景
參考文獻

第18章 鏡像異構體的治療應用——進化篩選技術中手性原理的運用
Dirk Eulberg，Florian Jarosch，Stefan Vonhoff和Sven Klussmann 著；呂雪飛 譯
18.1 進化篩選技術
18.2 手性
18.2.1 自然中手性的發現和闡釋
18.2.2 鏡像蛋白
18.2.3 鏡像核酸
18.3 鏡像進化技術：篩選反射
18.3.1 D型肽適配體
18.3.2 功能性的鏡像寡核苷酸：Spiegelmers
18.4 小結
致謝
參考文獻

第19章 臨床應用：抗VEGF適配體
Tony Realini，Eugene W M Ng和Anthony P Adamis著；屈鋒，陳爾凝 譯
19.1 引言
19.2 VEGF選為靶標的理由
19.3 VEGF與人類疾病
19.3.1 癌症
19.3.2 年齡相關的黃斑變性
19.3.3 糖尿病性視網膜病變
19.4 VEGF治療的兩難境地
19.4.1 VEGF與人體生理
19.4.2 克服兩難困境
19.5 VEGF抑制劑
19.6 進入Macugen
19.6.1 臨床前研究
19.6.2 Macugen的臨床試驗
19.7 展望
參考文獻

後記我的個人觀點：15年後的適配體
Larry Gold著；屈鋒譯
開篇
第一個專利
NeXagen和NeXstar的創立
診斷成像
適配體治療藥物
SomaLogic公司基於適配體的診斷試劑
天然的適配體存在嗎？
總結——藥物開發的SELEX一課
致謝
參考文獻