魔法正式成為現實的技術,已經將近一個世紀。
國立魔法大學附屬第一高中──俗稱「魔法科高中」。一對新生兄妹準備進入這所學校就讀。
哥哥是擁有某種缺陷的劣等生。
妹妹是全面完美無缺的優等生。
從這一刻起,在這原本平靜的學習園地,風波不斷的日子即將展開。
紗耶香等人吶喊著要廢除「因魔法而生的歧視」,而他們的活動,不久便發展成撼動整個學園的大事件。身為二科生(雜草)卻擁有「規格外的才能」的達也,以及比任何人都敬愛哥哥的一科生(花冠)深雪……兄妹倆攜手,迎戰這次事件!