主角真嗣在第3新東京市與父親.源堂、母親.唯,一起生活。每天都跟青梅竹馬的明日香一起上學,還有被同班同學冬二.劍介等人捉弄。某天,真嗣回家途中遇到一位帶著神秘氣息的少女「綾波零」。後來母親唯還告訴他,身為遠親的零要住在他們家!在首集中作者為了照顧廣大的讀者,特別繪製了穿著浴衣、泳裝的零與明日香讓讀者一飽眼福,最後附贈的搞笑漫畫也千萬別錯過了哦!
在PC遊戲上引爆話題的「新世紀福音戰士 碇真嗣育成計畫」終於改編成漫畫正式登場了,主角由開朗的真嗣擔綱,搭配人造美女零和青梅竹馬的明日香這兩位女主角,將在本次的作品中展開全新的純愛校園生活。已經玩過PC遊戲的讀者們可以藉由本次的作品重溫舊夢,尚未玩過遊戲的讀者,更可以用全新的角度來欣賞這部改編自人氣動畫「新世紀福音戰士」電玩版的青春校園故事。