牟潤孫先生(1908-1988)一生的事業,大抵可以分為三期:中國大陸時期(1908-1949)、台灣時期(1949-1954),與香港時期(1954-1988)。牟氏事業的高峰在香港,因此香港時期又可細分為兩個階段,任教時期與退休時期。
大陸時期(41歲以前)的研究重心為宗教史,代表性作品有1938年的〈宋代之摩尼教〉與1941年的〈崔浩與其政敵〉。台灣時期(41歲至46歲)的研究重心為逐漸離開宗教史,轉向經史研究,代表性作品有1950年的〈《折可存墓志銘》考證兼論宋江之結局〉、〈敦煌唐寫姓氏錄殘卷考證〉,與1952年的〈《春秋左傳》辨疑〉。
香港時期(46歲以後)的研究重心為中國中古史與清代學術思想,大體而言,前期(任教期)以中古史為重心,後期(退休期)以清代學術思想為重點。前期的代表性作品有1955年的〈春秋時代母系遺俗《公羊》證義〉,1958年的〈論儒釋兩家之講經與義疏〉,1960年的〈從唐代初期的政治制度論中國文人政治之形成〉,1964年的〈唐太宗廢立太子與南北文化之關係〉,1965年〈論魏晉以來之崇尚談辯及其影響〉,1967年〈唐初南北學人論學之異趣與其影響〉,以及1970年〈從《紅樓夢》研究說到曹雪芹的反理學思想〉等等。1973年退休後,潤孫先生仍然筆耕不輟,以在清代學術思想方面的研究最為豐盛,代表性的作品有:1974年的〈《聊齋志異》所記清兵在山東的屠殺〉,1975年〈蔣良驥的《東華錄》與《清實錄》〉,1976年〈論《漢書‧五行志》〉,1977年〈反理學的惠棟〉,1978年〈釋《紅樓夢》中的「皇商」〉、〈曹雪芹描寫大觀園的取材〉、〈從《紅樓夢》的抄家談起〉、〈論乾隆時期的貪污〉、〈論康熙、乾隆時期的「南巡」〉,1980年〈論清代史學衰落的原因〉、〈論曹雪芹撰《紅樓夢》的構想〉,1981年〈《聊齋志異》對官僚的攻擊與諷刺〉,1982年〈明末西洋大炮由明人後金考略〉,以及1985年〈論清王朝富盛時期的內帑——修圓明園的費用與清皇室的財富〉等等。
牟潤孫先生在經史考證上有不凡的能力,其治學特徵為常能以精闢深入的考據來發揚義理,這對在義理裡做知識探索的思想史學者極有助益,提醒思想史學者注意到思想轉折與現實政治之間的微妙關係。作為顧頡剛的學生,他的這套學問進路,基本上是延續「五四新文化運動」後胡適等透過「整理國故」運動所推衍的「新考據」。但進一步探索,我們發現潤孫先生的「新考據」又在這個傳統裡另闢天地,造就了自己的不凡事業。