本書書名來源有二。其一,十七世紀的荷蘭人將西吉嶼標示為「傷心的島(t’ verdrietich Eyl.)」,在《十七世紀荷蘭人繪製的臺灣老地圖》一書,內文提及:「有些島嶼則是以曾經發生的事件來命名,例如海盜的島、傷心的島、危險的島等。」此外,康培德(2018)分析荷蘭東印度公司在臺灣所使用的紀念性地名,包含有船隻名稱、人物名、地理名和事件屬性名稱,其中的船隻名稱和事件屬性名稱,與在地關聯較強,且與悲劇事件有關。種種跡象,在在顯示「傷心的島」背後必有一段不為人知的故事。而由後來清代方志和日本水路部所描述的海勢之險,以及近代所肇生的船難事件,「傷心的島」或與船難事件有所關聯。其二,《澎湖廳水產基本調查報告書》描述西吉嶼為:「該嶼位於東吉嶼西方二浬半,係如心臟形狀的小島,……。」本書在撰述和繪圖過程,整合諸多西吉嶼地圖,但在閱讀該報告書後,才會心西吉嶼島型確如心臟。
對於外人來說,西吉嶼或許孤懸海隅、海勢凶險,但島民對於該處海流、暗礁俱都熟悉,摸索著與「海」「島」共生之道、累積著豐饒的「地方知識」。於外,那可能是座傷心的島,於內,那是島民的家鄉,即使這些年人去島空,可昔日的傷心故事化成鄉愁,漂浮於腦海、聚斂於廟宇、回味於圖像和言談,而傷心也就不怎麼傷心,人們還是繼續往前走。由前二文,以及島民對於家鄉的情感,遂成本書書名「刻鏤於心的島嶼」。