本書輯錄著名歷史學者秦暉關於明清交替之際的一組研究文章,以縱向的時間軸論,集中於明末清初;以橫向的領域而言,主要從「農民戰爭與土地制度史」的角度出發,考察幾支政治力量的戰時策略以及它們之間的角逐。
全書分為四輯。第一輯「從『聯明抗清』到『南明史』」,從細緻入微的考證與邏輯嚴謹的思辨入手,分析了南明、農民軍、清廷三家政權之間的鼎立態勢、糾纏關係,及此消彼長的形勢變化,也分析了包括縉紳階層在內的各種社會力量之間的互動。第二輯「西南『國主』政權」,主要著眼于順治四年佔領雲南的大西農民軍的活動與制度,分析其經濟與政治實踐的特點與局限。第三輯「李自成及其餘部」,駁斥了李自成禪隱石門夾山的傳說,辨析了李自成余部所謂「后明韓主」及「定武政權」的子虛烏有。同時以精彩的考證分析,指出被誤認為李自成的「奉天玉和尚」很有可能是明清之際川東的一個軍閥——李占春。第四輯探討了李自成的歸宿,追溯了一個被虛構的李自成謀士如何從小說進入史料的過程,評價了崇禎帝的作為,分析了明代中葉的「倭寇」問題。