狼蛛與紅火蟻背後的那群怪物已經被時空安全局的探員們發現了,他們需要進行下一部行動。可是原本被他們解救的南桐城的居民,卻成為了所有螞蟻的目標,他們只能躲起來,以此保全自己。在另一個王騰的帶領之下,所有的居民包括趙璐和陳苗苗都暫時獲得了安全,而這個王騰對於趙璐也漸漸產生了愛情。
另一邊,EIPU1的陳羽為了救出自己的家人,與王騰一同來到了南桐城,卻被敵人抓了起來。
同時,時空安全局派出了EIPU7的陳羽,以及莉迪亞、愛琳娜、普拉薩德、李耀傑和肖恩這一群人前往了EIPU10,為了調查這些怪物的來歷,他們動用了上帝的辦公室,一直回到了八千年前,可是卻一下子落入了敵人的陷阱,被那些怪物利用快子宇宙耗光了能量。
時空安全局的行動可謂是出師不利,但陳羽憑藉著超強的意志和高超的智慧,最終幫助他們擺脫了困境。然而這些怪物的攻勢依舊兇猛,時空安全局雖然竭力抗爭,還是節節敗退。
與此同時EIPU1的陳羽和王騰找到了趙璐和陳苗苗,但那裏的王騰已經和趙璐相愛,陳羽在完成任務的同時,情感上也陷入了徹底的錯亂當中......
當時空安全局連同整個人類都岌岌可危的時候,X宇宙裏的江天佐參與了進來。他的誕生源自於第一次時空安全局對付潛行者組織時,一直逃亡的史密斯·裏夫斯(江天佐)最終被上帝的辦公室切斷了時間線,從而分裂成兩個時空,形成了新誕生的X宇宙,而這個江天佐與時空安全局裏的江天佐原本源自同一個人。當他到來的時候,整個局面又活了過來,他們也因為這個江天佐的到來以及X宇宙的誕生,才知道一直藏在莉迪亞身上一個重大的秘密。