楊納切克原是奧古斯丁教派的「皇后修道院」的唱詩班歌手,在唱詩班的指揮保羅o克利茲科夫斯基的教導下,引起他對音樂的興趣。完成基礎的師資訓練課程後,楊納切克曾在布拉格管風琴學校待過一段時間,1872-1879年在布爾諾擔任小學老師和合唱團指揮。1879年楊納切克進入萊比錫音樂院讀書,在Leo Grill嚴厲且有系統的教導下,對作曲產生興趣。1880年楊納切克造訪維也納,待了一個月,回到布爾諾後,他與自己的學生Zdenka Schulzova結婚。
在布爾諾,楊納切克重拾以前的工作,同時也擔任一家管風琴學校的校長。他沈浸在研究莫拉維亞民間音樂,同時完成一系列管弦樂組曲、舞曲,和一部獨幕歌劇。這部歌劇在1894年上演,但是在演出六場後,楊納切克忽然收回這部歌劇,並且開始創作歌劇《顏如花》。 1903年楊納切克的歌劇《顏如花》在布爾諾首演成功。在此之前,楊納切克在布爾諾是以作曲家與管風琴學校的校長的身份自居,直到《顏如花》發表之前,在莫拉維亞之外的地區他還是默默無名。直到十二年後,該部歌劇在布拉格演出後,他的名聲才開始享譽國際。
長期寫作《顏如花》的期間,楊納切克得以重新思考自己的作曲手法,同時他開始大量作曲、接觸其他類型的音樂。他的音樂中結合民間歌曲,還以捷克語言的天然音樂性和抑揚頓挫為基礎,制訂「說話旋律」的理論,這個理論影響他所有後來的音樂,並且透過這種尖尖的節奏和線條,構成一種特別的色彩。1919-25年間,楊納切克譜寫出他三部代表作歌劇:《卡佳‧卡巴諾娃》、《狡猾的小狐狸》與《馬克羅波洛斯案件》,每部歌劇都先在布爾諾上演,而後在布拉格演出,都廣受好評。
楊納切克特別為人注目的作品是歌劇,較為受人注意的管弦樂曲是作於1926年的《小交響曲》。這首曲子共有五個樂章,楊納切克並沒有以交響樂做法處理,此曲的節奏以一種獨特、清楚並符合邏輯的方式逐漸轉變與發展。
楊納切克最後一首作品是以俄國作家杜斯陀也夫斯基的小說《死屋手記》為體裁所作的歌劇,可惜他並沒有來得及看到歌劇上演,就在1928年因肺炎在布拉格逝世。