根據Fasano醫師的研究，約有百分之一的人有乳糜瀉，所以並非所有吃到含麩質食物的人都會造成乳糜瀉。要造成乳糜瀉這樣的自體免疫疾病有三大要素，也就是Fasano醫師提出的致病三元素理論（A Trio of Causes）──基因易感性、環境誘發因子、腸漏：
 
一、基因易感性（gene susceptibility）：帶有製造HLA-DQ2或HLA-DQ8蛋白基因的人，一旦腸道遇到麩質，會比一般人更容易引發劇烈的免疫反應，因此特別容易有乳糜瀉。由於基因是遺傳而來，無法改變，也就是所謂的「體質」。
 
二、環境誘發因子（environmental trigger）：必須要有誘發因子的存在，才能引起上述一系列免疫反應。在乳糜瀉的例子裡，誘發因子就是麩質。
 
三、腸道通透性增加，即腸漏：腸道黏膜細胞受到破壞，緊密連結功能缺損，防火牆失去了原本抵擋外來有害物質入侵的功能，導致管腔中的外來物（如：麩質）漏進腸道組織，因此引發後續的免疫發炎反應。
 
三個條件同時存在，才會造成乳糜瀉。
 
致病三元素理論不僅可用來解釋乳糜瀉，其他許多自體免疫或是慢性發炎疾病，也跟這三元素相關，例如第一型糖尿病（type 1 diabetes）、多發性硬化症（multiple sclerosis）、類風溼性關節炎（rheumatoid arthritis）、發炎性腸道症等。
 
正因如此，三元素理論提供了我們處理這類疾病時可以著手的重點。
 
簡單來說，只要其中一個條件不成立，乳糜瀉就不會發生。所以如果不吃含有麩質的食物，就不會誘發這些反應（排除誘發因子）；或者，麩質雖然進入腸道，但腸道屏蔽是完整的，沒有腸漏（避免腸漏），麩質也就不會進入腸道組織，而會隨著排泄物排出體外；又或者，如果吃了麩質，麩質也真的漏進腸道組織裡，但對於沒有基因易感性的人來說，只會出現正常的免疫反應，不會那麼劇烈，也不至於造成乳糜瀉（沒有基因易感性）。
 
我們雖然無法改變基因，但可以盡量避免環境中的誘發因子（例如麩質）。確實，誘發因子很難避開，以飲食而言，許多人三餐都靠外食，或是偶爾外食，根本不知道（也很難知道）吃下肚的食物是否包含了可能誘發免疫反應的食物。那麼這時候，維持腸道屏蔽的健全與完整，避免腸漏產生，不讓有害物質進入體內造成傷害，就變得格外重要了！