海上自衛隊的潛艦在全世界的傳統動力潛艦（非核動力潛艦）中算是大型的，而且隱匿性極佳。海上自衛隊配備的潛艦（SS）有11艘親潮級和5艘蒼龍級，蒼龍級為了提升長期潛航的能力，安裝了不依存大氣的絕氣推進系統（AIP）的史特林引擎。海上自衛隊今後需要強化的是和陸上自衛隊的統合運用。現在為了提供運輸支援，配備了大隅級運輸艦3艘，日後將會建造更大型的運輸艦（類似美國海軍的兩棲突擊艦或船塢登陸艦），目標是增加任務彈性，和陸上自衛隊協同執行防衛島嶼任務。陸上自衛隊則是引進了水陸兩用裝甲車AAV、和傾斜旋翼機MV-22鶚式，這些載具都會搭載在海上自衛隊的新型運輸艦上。