基隆港雖然被認為是臺灣少數的良港，但對於近代築港工程而言，卻仍有許多待克服的難題，例如冬季東北季風的風浪、內港的狹隘、市街腹地的狹小、流入港內的河川造成港內淤積、海底地盤的不規則等多項問題。在第一期的築港工程中，因為經費縮減，僅能先就濬渫港內著手，預設讓千噸的船隻得以入港停泊。而濬渫後的泥沙，將用於港內填埋新生地，藉此解決市街腹地狹小的問題。但是，因為基隆港內狹小，一旦填埋面積過多，勢必縮減了船隻停泊的海面面積。填埋地在何處，也關係到日後鐵路、碼頭、倉庫等交通與海陸連結的設計。因此填埋面積多寡，以及填埋的所在地、火車站與碼頭的位址，成為築港一開始被各方關注的問題。
 
早在事業公債法案通過時，基隆港畔的商人輿論即沸沸揚揚地討論築港議題，但因早期的築港調查屬於機密，當時的築港方針又尚在變更，對於基隆築港的各種謠言四起。例如火車站的位置，便有在社寮島相對的大沙灣之處，或是在大基隆嶼鱟公島之間的填埋地之處等傳言。
 
根據日治初期基隆築港調查委員會的設計，本來的填埋地，是位在清代火車站前牛稠港之處，為軍方所用。總督府所提出的築港設計，是要將填埋地定於基隆港東岸，即小基隆哨船頭、鼻仔頭與鱟母島之間，並且作為日後基隆港貿易成長後，新火車站的預定地。此設計代表商港從外港移至內港，但不和原來基隆港西岸及牛稠港的軍港重疊，而是在東岸填埋新生地成為商港主要基地。
 
明治33年（1900）4月後藤新平當時以鐵道部長向總督申請更改火車站位置，理由為舊火車站距離市街甚遠，沿岸迂迴又狹隘，不利於設立貨物與乘車路線，所以擬將火車站市街方向內移（罾仔寮），並且希望再將來港口貨物集散頻繁之時，將埋填新生地成為新火車站擴張之處。
 
不過，將火車站移至東岸的預定計畫，卻遭到軍方強烈的反對。當總督府將此計劃案提交給內務省，內務省再行文詢問海軍大臣，軍方以兩項理由反對：一是新設的火車站正對著海軍基地，將來商船貨物卸載，將會影響到對岸海軍軍艦的出入行動；其二則是陳明此海面是海軍的專有境域，要求將該火車站的設計撤回。並且表示日後總督府對於軍港或要港的鐵道計畫或火車站變更計畫，皆須經過海軍大臣同意。總督府回應接受海軍的意見。