第一章　傳統進化論中有爭議的問題
 
第一節　果殼裡的進化論
 
達爾文進化論的處境有點尷尬。表面上看，有著強大理論基礎和現實依據的進化論似乎就像堅果的果殼一樣結實。可是幾乎所有人都知道果殼裡面的局限性──方寸之間小小天地，外面才是廣袤森林。想要突破這層果殼卻非常困難，需要肥沃的土壤、充足的水分和適宜的溫度。達爾文也是普通人，並不是簡單而理性的機器，他能寫出正確的理論，也會表現出局限性，特別是面對生物進化這樣複雜而多變的課題，本書就將從進化論的局限性來提出自己的觀點。
 
生物是怎麼來的？到目前為止最接近真相的，當然還是達爾文的進化論。「毋庸置疑，達爾文的理論是那個時代乃至人類歷史上傑出的學術成就。但生物進化的秘密遠不止達爾文在進化論中所探討的問題。事實上，達爾文甚至都沒有意識到有關生物進化最核心的問題，更遑論解決」 。
 
自從1859年《物種起源》的出版宣告達爾文版進化論誕生以來，一百六十多年的時間裡，作為一個科學理論，它已經找到了大量的證據。達爾文進化論在風口浪尖上翻滾了這麼多年，一直被質疑，卻從未被推翻。這說明了兩個問題：首先，進化論大體是正確的，紙裡包不住火，一個謬誤或者謊言很難在科技高度發達的今天，在全人類面前屹立一百多年不倒；但是其次，也說明了進化論並不完美，所以才飽受質疑。
 
達爾文進化論的不少內容被後來人不斷修改，甚至有一些分支被證明是錯誤的，但是核心思想卻始終沒有被推翻過，這就是現代進化論的兩大理論基石：
 
⑴共同祖先。地球上的生物「五百年前是一家」，當然不是真的五百年，而是幾億、幾十億年。無論什麼物種，無論怎樣都能夠追溯到一個共同的祖先。雖然祖先相同，但是每一代都會多少有點改變，這樣的差異經過長期積累，造就了地球上多姿多彩的生命。
 
⑵自然選擇。指的是自然界對生物的選擇作用，即適者生存、不適者淘汰的現象。生物不斷地被大自然篩選，適合的生物生存下來，不適合的被淘汰出局。