在腸道內襯中，健康的人體細胞有一種表面塗層，免疫系統會把它當成「自己人」的憑證，它就是人類白血球抗原（HLA）的複合物。免疫系統會認出健康的細胞，以及進入腸道的其他物質，例如尚未消化的由蛋白質所組成的動物細胞。已消化的食物會分解成蛋白質、碳水化合物以及脂肪，這些物質小到無法有塗層，免疫系統無法檢查，因此它們能自由通過腸相關淋巴組織。然而，受到感染的細胞、細菌以及尚未消化的食物會有另一種塗層，免疫系統因此可以察覺到。這些潛在的傷害物質一接觸到腸道上皮細胞，腸相關淋巴組織的警報聲會響起，認定它們是無法辨識的闖入者。只要細胞塗層不屬於人類白血球抗原複合物，免疫系統就會發動攻擊。
 
腸內菌叢或稱腸道菌叢，它們居住在腸道裡面，與腸相關淋巴組織一起運作。這些細胞有數兆個，比身體的其他細胞都還多，是腸胃系統的重要成員，卻往往被人忽視。這些細菌不會使人生病，反而能讓身體運作更順暢。腸道菌叢就像住在腸道裡的微生物聚落，它們對人體有益，不但能提升免疫能力，還能讓心情變好。